針對每臺儀器建立檔案及標準操作規程SOP，每臺HPLC檔案需包括：品牌、產地、主體流路材質（兼容溶劑）、耐壓范圍、正相系統或反相系統（主要看泵密封圈材質）、對應維修工程師及應用工程師的聯系。保證出現問題時快速聯系獲取解決方案，將儀器的損害盡可能的降低。

HPLC主體流路材質一般有不銹鋼SST、鈦Ti或MP35N（MP35N合金是一種無磁的鎳鈷鉻鉬合金），普通液相系統無特殊說明一般為不銹鋼系統，鈦或MP35N多用于BioHPLC系統中，比不銹鋼系統更耐腐蝕，和更好的生物兼容性。

針對每臺儀器編寫完整的操作規程，應涉及到電壓、開關機順序及注意事項，使用人在申用儀器時應注意儀器的情況，發現問題及時記錄并上報。對儀器的使用和維護記錄嚴格審核。